חוק נכסי נפקדים הוא חוק שחוקקה המדינה ב 1950 המקנה למדינה את נכסיהם של מי שעזבו אותה לשטחיהן של מדינות עוינות במהלך מלחמת העצמאות. החוק החליף תקנות לשעת חירום שפעלו בין 1948 ועד 1950. גם תוקפו של חוק זה הוענק לו מתוקף מצב חירום שישראל הכריזה עליו ב 1948, ימים ספורים לאחר קום המדינה ולא הסירה אותו עד עצם היום הזה. השימוש בחוק נכסי נפקדים בירושלים המזרחית עשרות שנים לאחר האירועים בשלהם הוכרז מצב החירום ובמציאות שהיא תוצאת פעולת הסיפוח של ישראל, הופכת את מצב החירום לפרדיגמת עבודה מתמשכת המאפשרת השעייה של הדמוקרטיה ושל שלטון החוק על בסיס של זמניות בלתי מוגבלת.
בשנת 1970 חוקקה ישראל את חוק הסדרי מנהל התש"ל, הקובע כי חוק נכסי נפקדים לא יחול על תושבי ירושלים המזרחית "אשר ביום תחילתו של צו החלת המשפט נמצא[ו] בשטח תחולתו והיה[ו] תושב[ים] בו" אך החוק המשיך לחול על נכסים בירושלים המזרחית בבעלות פלסטינים המתגוררים במדינות ערב ואפילו בשטחי הגדה המערבית שאף הם בשליטת ישראל, לעיתים מטרים ספורים מקו הסיפוח של ירושלים. למעשה תחולת החוק, גם לאחר התיקון מ 1970 המשיכה להשפיע עמוקות על תושבי מזרח ירושלים שכן הוא המשיך לחול על נכסים בבעלות משפחתית שחלק מבעליו או יורשיו הם מזרח ירושלמים ואלו האחרים חיים מחוצה לה. במקרים אלה האפוטרופוס לנכסי נפקדים טען לבעלות על החלק היחסי בנכסים ובמקרים לא מעטים אף העביר חלקים אלה, לפעמים אפילו חלק מדירה שבה מתגוררת משפחה פלסטינית לידי עמותות מתנחלים. מציאות זו העמידה בסכנה נכסים בכל העיר המזרחית, גם מחוץ לאגן ההיסטורי. בעת הזו נידונים בבית המשפט העליון נכסים שהוכרזו כנפקדים והועברו לידיים ישראליות בבית חנינא, בית צפאפא ואבו דיס.
בשנים האחרונות גילו תושבי ירושלים המזרחית שהגישו בקשות להיתרי בנייה או רישום מקרקעין שנפתחה נגדם חקירה שהביאה בחלק מהמקרים לכך שהאפוטרופוס לנכסי נפקדים טען לבעלות על הנכס שבבעלותם או על חלקים ממנו. חשש זה האיץ עוד יותר את הבנייה הלא מוסדרת ואת ההימנעות של תושבי ירושלים המזרחית ממגע עם הרשויות הישראליות גם במחיר ויתור על שירותים הכרחיים. על היקפו הרחב של השימוש בחוק נכסי נפקדים בירושלים המזרחית יעידו דבריה של מנהלת המחלקה האזרחית של הפרקליטות שטענה בפני בבית המשפט העליון כי החלטה עקרונית של בית המשפט על הפסקת השימוש בחוק נכסי נפקדים בירושלים, אם תתקבל, אינה יכולה לחול על העבר שכן החלטה כזו עלולה ליצור לדבריה "כאוס בכל משטר המקרקעין בירושלים". דברי נציגת הפרקליטות חוזקו באותו דיון גם על ידי שופט בית המשפט העליון אליקים רובינשטיין. בית המשפט העליון עד לרגע זה העדיף "פתרונות מעשיים" למקרים ספציפיים, כדבריו של נשיא בית המשפט, השופט אשר גרוניס, על פני החלטה עקרונית לגבי עצם השימוש בחוק נכסי נפקדים בירושלים.
בנוסף, קובע חוק התש"ל כי נכסים שהיו בניהול האפוטרופוס הירדני יעברו באמצעות האפוטרופוס הישראלי הכללי לידי בעליהם היהודים טרום 1948. במילים אחרות החוק מורה על החזרת רכוש חד צדדית רק לבעלים יהודים ובו בזמן מכשיר את המשך והרחבת הפקעתו של רכוש פלסטיני: הבעייתיות החוקית והמוסרית של מצב זה עמדה מול עיניהם של היועצים המשפטיים לממשלה לאורך השנים: מאיר שמגר, ומני מזוז שהורו שאין ליישם את חוק נכסי נפקדים בירושלים המזרחית, הוראה שכאמור לא יושמה.
בכל הנוגע לירושלים המזרחית הפכו האפוטרופוס הכללי והאפוטרופוס לנכסי נפקדים מבעלי משמורת לסוכנים רבי עוצמה להפקעת נכסים פלסטינים. מעורבותם העמוקה בכל הליכי המקרקעין בירושלים המזרחית הביאה את תושביה לחשש מתמיד מפני כל מגע עם הרשויות והעצימה את ניכורם מהמערכות הישראליות. הערעור המתמיד על זכויות המקרקעין של תושבי ירושלים המזרחית היה אחד האמצעים האפקטיביים לערעור על עצם ישיבתם בירושלים, וזאת במחיר פגיעה מתמשכת בדמוקרטיה ובשלטון החוק והחלשה נוספת של הבסיס הרופף במילא עליו עומד מעמד התושבות.